Pierwszy, drewniany kościół, ufundowany przez Tomasza Grodziskiego został wybudowany w 1355 roku. Od tego momentu datuje się również powstanie parafii. Niestety, podczas pożaru w mieście, w roku 1460, drewniany kościół spłonął wraz z parafialnymi zabudowaniami. W tym samym roku, z fundacji Grodziskich, zostaje zbudowany drugi kościół, także drewniany, który po wielu latach użytkowania uległ zniszczeniu. Kolejne drewniane kościoły były budowane w 1521 r. i 1590 r. staraniem Krzysztofa i Aleksandra Okuniów.
Obecny kościół murowany, ufundował w 1688 roku nowy właściciel Grodziska Wojciech Mokronoski, kasztelan rawski. Prezbiterium tego kościoła wybudowano na miejscu kaplicy grobowej Mokronoskich i zachowało się ono do obecnych czasów. Kościół był stopniowo rozbudowywany: na planie krzyża powstały do 1714 roku dwie kaplice (dziś kaplica Serca Pana Jezusa i Matki Bożej) oraz nawa główna.
25 września 1808 roku miała miejsce uroczystość konsekracji kościoła św. Anny przez ks. Onufrego Szembeka, Biskupa Płockiego.
Rozbudowę kościoła o dwie nawy boczne i wieżę dokończono w 1888 r. Ostateczny kształt kościołowi nadał w 1927 roku proboszcz ks. prałat Marian Tokarzewski, który kościół wyremontował po zniszczeniach wojennych i przebudował dzwonnicę. W latach 90 generalnego remontu kościoła dokonał ks.prałat Lucjan Rutkowski. W ostatnich latach ks. prałat Eugeniusz Dziedzic odnowił elewację i uporządkował otoczenie kościoła. W kościele na uwagę zasługuje kilka obrazów: w prezbiterium znajduje się obraz „Ukrzyżowanie” namalowany przez Filipa Castaldiego (XVII/XIX w.) oraz w kaplicy Matki Bożej „Ostatnia Wieczerza”.
